Bugenhagen wurde 1485 in Hinterpommern geboren. Nach seinem Studium in Greifswald und der Priesterweihe trat er verschiedene Stellen als "Lehrer der Heiligen Schrift und der Kirchenväter" an.

1517 beauftragte Bogislaw X. der Große den späteren Reformator von Pommern, Dr. Johannes Bugenhagen, damals Lektor in dem Kloster Belbuk , mit der Abfassung einer Geschichte des Landes; die lateinische "Pomerania " (1518) steht am Anfang der Territorialgeschichtsschreibung in Pommern.

Als Martin Luther 1521 seine antirömische Schrift "Von der babylonischen Gefangenschaft der Kirche" veröffentlichte, stieß er damit zunächst auf Bugenhagens entschiedene Ablehnung. Nach intensiverem Studium des Werkes jedoch schloss sich Bugenhagen der Reformation an und siedelte über nach Wittenberg.

Der "Doktor Pomeranus", wie Martin Luther ihn nannte, wurde zu einem der wirkungsvollsten Reformatoren. Neben seiner Tätigkeit als Wittenberger Stadtpfarrer (seit 1523) und persönlicher Seelsorger Luthers hielt er auch Vorlesungen in Theologie an der Wittenberger Universität (heute Martin-Luther-Universität).

Besonders hervorstechend war neben seinen theologischen Überzeugungen auch sein außergewöhnliches Organisationstalent. Er war somit wie vorbestimmt für die Reformation in Norddeutschland und Skandinavien und schuf Kirchenordnungen für Hildesheim, Hamburg, Lübeck, Pommern, Schleswig-Holstein, Braunschweig, Braunschweig-Wolfenbüttel und Dänemark. Er selbst sorgte auch mit für deren Einführung und Durchsetzung. Mit ihrer Abfassung schuf er nicht ca. Regelungen für Gottesdienste, sondern auch Leitgedanken zu dem Schulwesen und zu sozialen Fragen. 1539 wurde er Generalsuperintendent des sächsischen Kurkreises.

Nach dem Tod Martin Luthers kümmerte er sich um dessen Witwe und Kinder. Johannes Bugenhagen starb 1558 in Wittenberg.